Para realizar un agujero de una dimensión concreta en una chapa de un espesor determinado, el punzón debe tener la misma dimensión que el agujero deseado y la matriz deberá tener una dimensión un poco mayor. Esa diferencia de dimensiones es conocida como tolerancia de corte de la matriz. Es muy importante que la tolerancia de corte de la matriz este uniformemente repartida alrededor de la medida del punzón, incluso en las esquinas. Por ejemplo, si un punzón es de diámetro 10 mm y la matriz es de 10,2 mm la tolerancia total de 0,2 mm debe quedar uniformemente repartida de forma que entre pared de punzón y pared de matriz se mantenga una tolerancia de 0,1 mm en todo el perímetro.
La tolerancia de corte adecuada es aquella que hace coincidir las fracturas de corte generadas por el punzón y por la matriz. Esto ocurrirá cuando las fracturas se encuentren a 1/3 o 1/2 del espesor de la chapa.

Como regla general se puede establecer que, a mayor esfuerzo de corte del material y a mayor espesor de chapa, la tolerancia de corte debe ser mayor. Por ejemplo, para chapas de un mismo espesor se necesitará una tolerancia de corte mayor para el inoxidable que para una de acero o de aluminio. Por otro lado una chapa de 6 mm de espesor necesitará más tolerancia que una chapa de 1 mm

Los valores de la tolerancia pueden variar desde un 15% a un 25% del espesor de material en función del espesor y tipo de material. Como regla general se podría aplicar como tolerancia de corte un 15% para el aluminio, un 20% para el acero y un 20-25% para el inoxidable.

A continuación mostramos una tabla en la cual se sugieren unas tolerancias de corte orientativas para el punzonado de diferentes materiales: